枯草芽孢杆菌和地衣芽孢杆菌在自然界中广泛存在，不仅活跃于土壤、植物根际、体表等外界环境中，同时还是植物体内常见的内生细菌，对人畜无毒无害，不污染环境，具有显著的抗菌活性和很强的抗逆能力。但枯草芽孢和地衣芽孢杆菌还是有很大区别的：
1、农业作用不同
枯草芽孢杆菌在农业上的作用是增加作物抗逆性、固氮，而地衣芽孢杆菌在农业上的作用是抗病、杀灭有害菌。
2、生长情况不同
枯草芽孢杆菌生长的比较快，培养的时间要短一些，而地衣芽孢杆菌要生长得慢些，培养的时间要长一些，它们有很大的不同。
3、产生的酶不同
枯草芽孢杆菌产生的淀粉酶和纤维素酶多点，而地衣芽孢杆菌产生的蛋白酶多些。
4、控制作用不同
枯草芽孢杆菌的菌体在生长过程中会产生枯草菌素、多粘菌素、制霉菌素、短杆菌肽等活性物质，这些活性物质对致病菌或内源性感染的条件致病菌有明显的控制作用。而地衣芽孢杆菌可以产生多种抗菌物质，对一些植物病原菌有较好的控制作用，区分起来是比较明显的。
假冒伪劣的通常价位便宜，一般用一些激素或肥料冒充，即完全当成肥料来卖。见效比较快。用后易引起作物早衰，因为激素的作用品质产量反而降低。
总之，微生物菌肥作为一种生物制剂，对作物、对土壤都有很好的生长调节作用，基本是多功能的，不可能只针对一点起作用，重要的是它的使用效果是累加的，是单纯的肥料或激素达不到的。
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